基礎科學領域 　生物科技領域　 電子資訊領域
 奈米與材料領域   能源與環境領域　 科技、社會與管理領域

　　本校重要研究成果包括：98年SCI/SSCI論文預期較94年成長40%，高引用論文(HiCi)成長105%達84篇，頂尖期刊論文大幅成長：Science及Nature論文共7篇，Annals of Mathematics論文一篇國內第一篇Cell論文，並有多項突破性研究成果。另根據Essential Science Indicators （ESI）資料庫，本校在生物暨生化（Biology & Biochemistry）及臨床醫學（Clinical Medicine）兩領域分別於98年7月及99年1月首度入選成為進入世界論文被引次數前1%之學校。這是本校第六、七個入選領域，另外五個領域為化學、物理、材料、工程及計算機科學。重要的是，這是國內首度有未設醫學院之大學進入生物暨生化排行榜，代表著本校在生物醫學領域進入國際水準的重要里程碑。

     持續發揮產業服務、產學合作之優良傳統，創新育成中心5度榮獲經濟部中小企業處最佳育成中心，96年獲最佳創業輔導獎，98年入圍經濟部產業經濟貢獻獎決選名單，並獲財團法人中華創業育成協會推薦，由經濟部中企處評選代表中華民國參加亞洲育成協會舉辦之「2009 AABI年度最佳育成中心獎」。97年本校爭取到教育部首次辦理產學合作績效激勵方案三年計畫獎勵 (全國僅六校獲得)，可適時擴增本校產學合作的組織規模。

     強化智財保護與運用服務，針對校內各系所中心主動提供技術移轉、專利申請、法律諮詢及產學媒合等服務。98年度已服務學校教師提出180件之專利申請案，並提供超過160件之教師產學合作相關法律諮詢服務，技術移轉案件成長至48件，總計技轉金額超越兩千萬元。本校獲美國專利證數為全國大專院校之冠，96、97年度美國專利獲證數皆為20件，分別佔全國116所大專院校年度美國專利公告總數之15%及13%；98年度迄今亦有20件美國專利獲證已達到往年標準，並已有6件成功授權給相關產業之科技公司。96、97及98年度連續三年獲得國科會「績優技術移轉學校獎」之肯定。

     本校選擇基礎科學、生物科技、電子資訊、奈米與材料、能源與環境及科技、社會與管理共六項已具基礎且有潛力成為國際頂尖之研究領域為重點，並積極支援相關研究中心負責推動，以下針對各領域分別敘述：

 基礎科學領域

    本校基礎科學研究居國內領導地位，訂定理論科學研究、奈米及光電物理研究、材料化學及化學生物研究、恆星形成與高能天文物理研究等四大重點，理論與實驗密切配合，純粹與應用科學並重，以達國際一流水準。95-98年共發表SCI論文498篇，其中多篇發表在頂級數學、物理及化學期刊上，更有重要天文發現刊登於Nature。98年獲得專利5件。

生物科技領域

    組成涵蓋生物、工程與資訊領域專長的研究團隊，研究腦中基因表現、神經網路與行為之間的關聯性，以瞭解大腦如何運作；以結構生物、生物資訊、與系統生物為基礎，研究協助臨床疾病診斷與治療之方法；研發生醫影像與光電、生醫材料與組織工程、製藥科技、生物資訊、生物晶片與生物感測、生醫元件與儀器等技術。98年發表SCI論文188篇，專利9件，技術移轉共6件。根據ESI資料庫，98年本校生物與生化、臨床醫學兩領域研發能量首度入選全世界前1%之研究機構。

電子資訊領域

    研究重點為網路通訊與資訊應用、系統晶片與設計技術、光電與顯示科技、電力電子與電源科技，過去一年除發表241篇SCI論文外，一位教授榮獲第52屆教育部學術獎，一位教授獲選為2009年IEEE Fellow及第七屆有庠科技講座，一位教授榮獲2009年中央研究院年輕學者研究著作獎，另有一國科會研究計畫獲選為2008年國科會50科學成就之一。98年獲得專利13件，技術移轉共25件。

奈米與材料領域

    本校致力於奈米科技研究，以物理及化學為基礎，配合在國內具主導地位的材料、化工與奈米微機電應用研究，再加上半導體、微機電製程技術及先進的奈米量測技術，形成優勢團隊。95年到98年底為止，共計發表SCI期刊論文590篇，其中頂尖期刊（IF＞4.0）148篇；HiCi論文數24篇，全國頂尖。四年來共獲得專利83件，技術轉移共23件，獲得5件學界科專與多件產學合作計畫，積極協助我國產業界邁向奈米科技世紀。

能源與環境領域

    整合本校能源與環境領域的研究資源，透過跨領域的交流與合作，協助本校在「先進能源」、「節約能源」、「電力系統」、「環境微量分析」、「環境政策」等研究領域持續創新。98年發表SCI論文90篇，獲得專利3件，技術移轉共4件。

科技、社會與管理領域

    在97年度工作成果基礎上，繼續以「季風亞洲與多元文化」國家重點計畫為軸心，規劃校內人文學科整體發展，推展Mentoring Program，主動積極地幫助近40位年輕同仁的學術開拓，提升清華在重點文科領域的國際地位，成效顯著。