為有效執行「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」之特別預算補助經費，本校擬定推動執行組織與運作方式，首先成立「校務發展諮詢委員會」督導政策方針與經費運作。其次，組織「規劃委員會」及「績效考核委員會」，做整體計畫規劃及績效考核，並成立四個推動小組，統籌校內溝通協調、策略規劃、資源分配與方案執行等任務。各推動小組之任務敘述如下：

1. 基礎建構推動小組
　　本推動小組負責校園基礎建構相關計畫之規劃設計與經費執行進度追蹤。本小組由總務長召集，成員由校內相關行政單位主管及資深教授等5-7人組成，並聘請校外專家為顧問。
2. 拔尖研究推動小組
　　本推動小組推動拔尖研究計畫之執行，追蹤計畫與經費執行之進度。本小組由研發長召集，校內相關主管與資深教授5-8人組成，並聘請校外專家為顧問。
3. 卓越教學推動小組
　　本推動小組負責教學與國際化相關計畫之推動執行及質化績效指標建立，以及院系所配合經費執行之進度追蹤。本小組由教務長召集，成員由校內相關主管與資深教授5-7人組成，並聘請校外專家為顧問。本計畫編列「院系所配合經費」的目標為加強各教學單位課程改進、教學研究環境提昇、促進國際交流合作等，以全面提升教研水準。
4. 組織運作調整推動小組
　　本推動小組推動學校組織運作調整及相關章程辦法修訂，由秘書長召集，成員由相關行政單位主管及校內資深教授等5-7人，並聘請校外專家為顧問。